Mantarlar hasattan sonra da solunum yapmaya devam eder ve diğer taze ürünlere kıyasla nispeten yüksek bir solunum hızına sahiptir. Örneğin istiridye mantarının solunum hızı çoğu meyveden üç kat fazladır. Solunum hızı, depolama ömrünün iyi bir
göstergesidir ve solunum, mantar dokusunda değişikliklere neden olur. Depolama sırasında mantarların içindeki bakteri ve sporlar bozulmaya neden olabilir. Soğuk depolama sırasında bakteri ve enzimler artmaya devam eder. Bu, mantarlar soğuk
hava deposundan çıkarıldığında hızlı bozulmaya neden olur. Mantarlar sertliğini kaybettikçe ve etleri karardıkça dokusu değişir. Mantarların içindeki su da bakteri üremesi için elverişlidir. Birçok mantar büyürken beyaz ila gri renktedir. Ancak belirli
saklama koşulları altında enzimler oksijenle reaksiyona girerek kahverengi pigmentler oluşturur. Bu tür renk değişikliği mantarların kalitesini ciddi şekilde düşürür.
Mantarlar kuru ağırlığının %85-95 i kadar su içerir. Yüzeylerinden su kaybına karşı hiçbir engel yoktur. Mantarlarda hasattan sonra su kaybı mantarların durumu, nem, temiz hava ve atmosfer basıncından etkilenir. Mantarlar solup kuruduğunda taze mantarların kalitesi düşer. Taze mantarların raf ömrü kısadır. Bu nedenle, hasattan hemen sonra pazarlanmaları veya soğuk hava depolarında veya diğer kontrollü ortam depolarında olduğu gibi özel bir özenle muhafaza edilmeleri gerekir. Taze mantarların raf ömrü 1-4 °C de soğutularak uzatılabilir. Mantarların soğutulması, mantarlardaki tüm fizyolojik süreçlerin daha düşük oranlarda gerçekleşmesine neden olur. İlk soğutma sırasında yüksek bir soğutma yükü vardır. Ancak mantarlar önceden soğutulduktan sonra soğutma yükü çok azalır.
Optimum raf ömrü için mantarlar 0°C de saklanmalıdır. Daha yüksek sıcaklıklar, bozulma oranını büyük ölçüde artırırken, daha düşük sıcaklıklar, donma hasarı riskini artırır. Mantarlarda su ve ağırlık kaybını önlemek için mantarları hasattan hemen
sonra nispeten düşük nemli bir ortamda saklamak hayati önem taşır. Bunun %95 ten az olmaması tavsiye edilir. Ancak türlere bağlı olarak nem aralığı %85-90 da ürünün kalitesi ve raf ömrünün korunmasına yardımcı olur.
Mantarlarda çürümenin en önemli faktörlerinden biri, solunum yoluyla ısı salmalarından gelir. Bunu önlemek için, mantarlar son depolama sıcaklıklarına soğutulmadan önce tüm alan ısısını etkili bir şekilde uzaklaştırmak için hızlı bir soğutma tekniğinin kullanılması tavsiye edilir. Bu yöntem mantarların raf ömrünü uzatmak için oldukça etkilidir.