Tüm küçük meyveler arasında ahududu en kısa raf ömrüne sahiptir. Oda sıcaklığında tezgahta bekletilen ahududuların üzerindeki küf oluşumu izlenebilir. Çürümeye ek olarak, ahududular genellikle parlak kırmızı bir renkten çekici olmayan mor bir renge dönüşür. Böğürtlen biraz daha kolaydır, hızlı küflenmeye daha az eğilimlidir. Böğürtlenler kabul edilemez bir şekilde kararmayacak olsa da, bazı nedenlere bağlı olarak meyvenin her yerinde renk değişimi oluşabilir. Hem ahududu hem de böğürtlen soğukta tutulmazsa birkaç saat içinde çok yumuşar. Ahududu ve böğürtlen, içinde karbonhidrat kaynakları bulunmadığından ve boyut, tat, doku ve rengi koruyabilmek için doğrudan şeker içeriğine ihtiyaç duyduğundan, yarı olgun olarak toplanamaz. Ahududu açık pembe renk aşamasında toplanabilir ve normal tatlılık ve rengi elde eder, ancak böğürtlenlerin tam siyah renkte olması gerekir. Bu meyveler ıslatılmamalıdır, suyla temizlenemez veya soğutulamaz. Meyvenin yüksek solunum hızı, koruyucu bir kabuğunun olmamasından dolayı hızla su ve ağırlık kaybetme özelliği ile birleştiğinde, işleme ve pazarlama sürecinde hızla soğutulması ve soğuk tutulması gerektiği anlamına gelir. Ahududu ve böğürtlen, işlenmek üzere makine ile hasat edilir, ancak taze olarak yenebilmesi için elle toplanır ve kaplara yerleştirilir. Taze ahududuların uzun bir raf ömrü yoktur. Buzdolabında saklandıklarında genellikle iki ila üç gün dayanır.
Meyve paletleri, soğuk oda içinde aralarında koridorlar olacak şekilde istiflenmelidir. Meyvenin soğutulması için, paletlerin içinde ve etrafında soğuk hava dolaşmalıdır.
Tam soğutma işlemini tamamlayana kadar ahududuları bir ön soğutma ile serin tutmak önemlidir. Aksi takdirde, hızla bozulma eğilimlidir. Bu meyvenin ön soğutmasında, uygun sıcaklık ve nem elde edilmelidir. Çok fazla soğuk meyveye zarar verebilir ve çok az soğuk ise meyveyi etilen hasarına duyarlı hale getirebilir. Ahududuları korumak için optimum sıcaklık -1 veya -0 ⁰C'dir. Ahududu yüksek bağıl nem gerektirir. %90-95 bağıl nem seviyesinde saklanmalıdır.